高速離心機的振動是衡量離心機性能優劣的重要標志之一。通常，減振可采取主動減振和被動減振二種方法。主動減振就是在設計中將離心機的工作轉速遠遠避開旋轉系統的臨界轉速(實驗室用高速離心機一般均將臨界轉速設計為遠遠低于工作轉速)。另外，在轉子加工過程中一定要進行動平衡。被動減振就是以各種型式的減振器將可能產生的振動與機架和基礎隔開。
　　
　　一般在離心機設計中，高速冷凍離心機主動減振和被動減振是同時應用的對高速離心機而言，一般可在三個部位考慮減振：①將主軸軸承座設計成撓性減振型式；②主軸與電機之間以撓性聯接；③整個驅動系統與機架撓性聯接。
　　
　　橡膠減振器一般即可滿足高速離心機的減振要求。在減振器結構已定的情況下，橡膠硬度越大，系統的臨界轉速就越高。硬度太低的減振器，強度不能滿足要求，容易損壞。
　　
　　除以上三部位采用撓性減振型式外，高速離心機轉頭和主軸之間還可采用彈性接合，比如在高速冷凍離心機的主軸和轉頭之間有一層硅橡膠(SiliconeRubbet)，它可進一步吸收振動。各種減振措施除起到隔振作用外，還使旋轉系統的臨界轉速下降，從而使工作轉速遠遠避開臨界轉速。